Структурная интеграция подразделений, разрабатывающих и производящих технологически однотипную продукцию, а также присоединение в последние годы к ФГУП «ВНИИА» трех крупных предприятий ГК «Росатом» позволили создать в институте несколько научно-производственных центров, размещенных на пяти производственных площадках г. Москвы и Московской области. Изделия, разработанные и серийно производимые в институте, обладают характеристиками, как правило, превосходящими лучшие отечественные и зарубежные образцы, и рекордной надежностью. Система качества, действующая в институте с 1978 года, получила мощное развитие на основе разработанных комплексов взаимоувязанных стандартов, регулирующих функции подразделений по всем направлениям создаваемой техники. За работы по качеству создаваемых изделий институт неоднократно удостаивался престижных премий, в том числе премии Правительства РФ по качеству.